Narodil se v roce 1880 v Německu. Již jako malý chlapec trpěl chronickým astmatem, rachitidou a dalšími nemocemi, které mu oslabovaly tělo. Díky silné vůli a chuti do života neustále hledal cestu ke zlepšení svého špatného zdravotního stavu a k posílení chabých kostí a svalů. Zkoušel to se sportem, především se silovým tréninkem, stal se skvělým gymnastou, nadchl se pro lyžování. Při své neustále snaze o tělesnou dokonalost se Pilates začal zabývat také cvičebními metodami orientu, jako je například jóga. Postupně vyvinul vlastní cvičební metodu, která byla založena na precizních a kontrolovaných pohybech, kterou uvedl pod pojmem „contrology“ (kontrologie).

Základem Pilatovy filozofie byla myšlenka, že mnohé prvky moderní civilizace tělesné zdatnosti škodí. Byl přesvědčen, že moderní životní styl s telefony, auty, ekonomickým tlakem a znečišťováním životního prostředí způsobuje tělesný i mentální stres a choroby, které jsou se stresem spjaté. Pilates dále tvrdil, že tento stres je už tak silný, že téměř v každé domácnosti je nejméně jedna osoba, která trpí nervovým napětím. Jeho teorie předběhly dobu a nyní se potvrzují. Pilatova filozofie tělesné zdatnosti má co nabídnout každému, bez ohledu na věk a tělesné schopnosti, a zvláště těm, kteří by chtěli být silní bez mohutných svalů.